A gyűjteményt a technika fejlődésével párhuzamosan fokozatosan gyarapították, a hely később már kicsinek is bizonyult, azonban az 1944-es légi támadások során súlyos bombatalálatokat kapott az épület, és részben elpusztult. A beomlott kupolát már nem is építették vissza, és csak a 60-as évek elején állították helyre a modern épületet, jóval szerényebb formában, a kor sajátos ízlésének megfelelően. Az 1966-ban megnyitott új múzeum azonban hamarosan túl szűknek bizonyult, így a 80-as évek első felében alakult ki a jelenleg is látható, hosszúkás, meglehetősen kevert stílusú épületegyüttes. A Liget Projekt keretében 2015. április 15-től a Közlekedési Múzeum is bezárja kapuit, a 7 milliárd forintos beruházás során teljes műemléki felújításon átesett, belül pedig egy modern, a XXI. század igényeinek megfelelő múzeum nyitja meg kapuit 2018-ban. A múzeum látogatása A Városliget szélén található múzeumot már messziről felismerhetővé teszi a tetején landoló kétfedeles repülőgép és az épületből kitörni akaró piros dízelmozdony, valamint az előtte parkoló csodaszép gőzmozdony.
A ligatúrák, ahogy a nyelvi kódolások is, kultúrát, történelmet, gondolkodásmódot üzennek. Érdemes őket megfejteni. És nem is tanulság nélkül való történetek.